Kalkmoerassen behoren tot de zeldzaamste habitattypes in Vlaanderen en West-Europa. Het zijn permanent natte, veengebieden gevoed door kalkrijk grondwater. In regel overstromen ze niet en is weinig stikstof en fosfor in het milieu aanwezig. Ze herbergen tal van uiterst zeldzame plantensoorten en zijn daarom Europees beschermd. Het gaat om minder dan 50 ha voor heel Vlaanderen. Basenrijke overgangsvenen zijn een sterk gelijkend habitattype en eveneens Europees beschermd. In regel zijn ze vaak iets voedselrijker, iets minder kalkrijk (maar wel met aanvoer van basenrijk grondwater, dwz rijk aan bicarbonaten en ijzerhydroxide), terwijl soms tijdelijke overstromingen kunnen plaats vinden. Ze komen in Vlaanderen iets talrijker voor, maar nog steeds erg schaars en bedreigd.
De grens tussen basenrijk laagveen en kalkmoeras is vaak niet zo scherp af te lijnen, zeker wanneer de vegetatieontwikkeling nog volop bezig is. De Leiemeersen zijn zo’n gebied. In de jaren 1960 werd het veengebied opgehoogd met baggerslib en huisvuil. In de periode 1992-1994 en in 2002 werd het gebied gesaneerd en sindsdien is natuurherstel volop aan de gang. Het volgehouden maaibeheer resulteert tot op de dag van vandaag nog steeds in speciale vondsten die uit de historische zaadvoorraad in de bodem opduiken. Zo werd afgelopen jaar het zeer zeldzame Teer guichelgeil (Anagallis tenella) in het gebied aangetroffen. De soort past mooi in het rijtje van andere plantensoorten van kalkrijk of basenrijk veenmoeras die al in het gebied zijn aangetroffen. De meest zeldzame soort in het gezelschap is het Breed wollegras (Eriophorum latifolium) dat nog maar op 2 andere plaatsen in Vlaanderen voorkomt en enkele jaren geleden in de Leiemeersen is gevonden. Andere kalk- of basenminnende soorten uit de Leiemeersen zijn o.a. Moeraswespenorchis, Paddenrus, Zeegroene zegge, Moeraszoutgras, Bevertjes en Sterrengoudmos. Hun aanwezigheid is te danken aan het regionale grondwater dat ter hoogte van de depressie van de Leiemeersen aan de oppervlakte treedt en onderweg fossiele schelpenbanken uit het laat-Pleistoceen passeert.
Het bijzondere aan de Leiemeersen is dat er ook basenarm grondwater in het gebied uittreedt, waardoor ook soorten van basenarm laagveen in het gebied aanwezig zijn, zoals Veenpluis en Waternavel. Tenslotte zijn er ook bijzondere laagveensoorten in de Leiemeersen aanwezig voor wie de waterchemie minder belangrijk is, zoals Waterdrieblad, Moeraskartelblad en Holpijp. Dit maakt van de Leiemeersen een unieke mix van laagveensoorten, dat op Vlaams niveau, van grote waarde is.
Het is een permanente uitdaging om met het beheerteam en de Natuurpuntvrijwilligers het kleinschalige maaibeheer in het gebied vol te houden. Zwaar machinaal beheer is immers niet mogelijk. Ook stikstofdepositie, eutrofiëring van het grondwater, langdurige overstromingen, verruiging door riet en klimaatverandering zijn bedreigingen voor de bijzondere waarde van het gebied.
